Index

A

AbstractWrapper (class in vitessce.wrappers) add_coordination() (vitessce.config.VitessceConfig method) add_coordination_by_dict() (vitessce.config.VitessceConfig method) add_dataset() (vitessce.config.VitessceChainableConfig method) (vitessce.config.VitessceConfig method) add_file() (vitessce.config.VitessceConfigDataset method) add_meta_coordination() (vitessce.config.VitessceConfig method) add_object() (vitessce.config.VitessceConfigDataset method) add_view() (vitessce.config.VitessceChainableConfig method) (vitessce.config.VitessceConfig method)

ADDITIONAL_CELL_SETS (vitessce.constants.CoordinationType attribute) ADDITIONAL_OBS_SETS (vitessce.constants.CoordinationType attribute) ANNDATA_CELL_SETS_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) ANNDATA_CELLS_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) ANNDATA_EXPRESSION_MATRIX_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) ANNDATA_H5AD (vitessce.constants.FileType attribute) ANNDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) AnnDataWrapper (class in vitessce.wrappers) auto_view_config() (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method) (vitessce.wrappers.AnnDataWrapper method)

C

cast_arr() (in module vitessce.data_utils.anndata) CELL_COLOR_ENCODING (vitessce.constants.CoordinationType attribute) CELL_FILTER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) CELL_HIGHLIGHT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) CELL_SET_COLOR (vitessce.constants.CoordinationType attribute) CELL_SET_EXPRESSION (vitessce.constants.ViewType attribute) CELL_SET_HIGHLIGHT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) CELL_SET_SELECTION (vitessce.constants.CoordinationType attribute) CELL_SET_SIZES (vitessce.constants.ViewType attribute) CELL_SETS (vitessce.constants.DataType attribute) (vitessce.constants.ViewType attribute) CELL_SETS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) CELLS (vitessce.constants.DataType attribute) CELLS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute)

CLUSTERS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) convert_and_save() (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method) (vitessce.wrappers.AnnDataWrapper method) (vitessce.wrappers.CsvWrapper method) (vitessce.wrappers.ImageOmeTiffWrapper method) (vitessce.wrappers.ImageOmeZarrWrapper method) (vitessce.wrappers.JsonWrapper method) (vitessce.wrappers.MultiImageWrapper method) (vitessce.wrappers.MultivecZarrWrapper method) (vitessce.wrappers.ObsSegmentationsOmeTiffWrapper method) (vitessce.wrappers.ObsSegmentationsOmeZarrWrapper method) (vitessce.wrappers.OmeTiffWrapper method) (vitessce.wrappers.OmeZarrWrapper method) CoordinationType (class in vitessce.constants) CsvWrapper (class in vitessce.wrappers)

D

DATASET (vitessce.constants.CoordinationType attribute) DataType (class in vitessce.constants)

DemoPlugin (class in vitessce.widget_plugins.demo_plugin) DESCRIPTION (vitessce.constants.ViewType attribute) display() (vitessce.config.VitessceConfig method)

E

EMBEDDING_CELL_OPACITY (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_CELL_OPACITY_MODE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_CELL_RADIUS (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_CELL_RADIUS_MODE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_OBS_OPACITY (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_OBS_OPACITY_MODE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_OBS_RADIUS (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_OBS_RADIUS_MODE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_OBS_SET_LABEL_SIZE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_OBS_SET_LABELS_VISIBLE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_OBS_SET_POLYGONS_VISIBLE (vitessce.constants.CoordinationType attribute)

EMBEDDING_ROTATION (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_TARGET_X (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_TARGET_Y (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_TARGET_Z (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_TYPE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) EMBEDDING_ZOOM (vitessce.constants.CoordinationType attribute) export() (vitessce.config.VitessceConfig method) export_to_files() (in module vitessce.export) export_to_s3() (in module vitessce.export) EXPRESSION_MATRIX (vitessce.constants.DataType attribute) EXPRESSION_MATRIX_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute)

F

FEATURE_FILTER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) FEATURE_HIGHLIGHT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) FEATURE_LABELS (vitessce.constants.DataType attribute) FEATURE_LABELS_ANNDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) FEATURE_LABELS_CSV (vitessce.constants.FileType attribute) FEATURE_LIST (vitessce.constants.ViewType attribute) FEATURE_SELECTION (vitessce.constants.CoordinationType attribute) FEATURE_TYPE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) FEATURE_VALUE_COLORMAP (vitessce.constants.CoordinationType attribute)

FEATURE_VALUE_COLORMAP_RANGE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) FEATURE_VALUE_HISTOGRAM (vitessce.constants.ViewType attribute) FEATURE_VALUE_TRANSFORM (vitessce.constants.CoordinationType attribute) FEATURE_VALUE_TRANSFORM_COEFFICIENT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) FEATURE_VALUE_TYPE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) FileType (class in vitessce.constants) from_dict() (vitessce.config.VitessceConfig static method) from_object() (vitessce.config.VitessceConfig static method) (vitessce.wrappers.SpatialDataWrapper class method)

G

GATING (vitessce.constants.ViewType attribute) GATING_FEATURE_SELECTION_X (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GATING_FEATURE_SELECTION_Y (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENE_EXPRESSION_COLORMAP (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENE_EXPRESSION_COLORMAP_RANGE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENE_FILTER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENE_HIGHLIGHT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENE_SELECTION (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENES (vitessce.constants.ViewType attribute) GENES_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) GENOMIC_PROFILES (vitessce.constants.DataType attribute) (vitessce.constants.ViewType attribute) GENOMIC_PROFILES_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) GENOMIC_TARGET_X (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENOMIC_TARGET_Y (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENOMIC_ZOOM_X (vitessce.constants.CoordinationType attribute) GENOMIC_ZOOM_Y (vitessce.constants.CoordinationType attribute) get_artifacts() (vitessce.config.VitessceConfig method) (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method)

get_coordination_scope() (vitessce.config.VitessceConfigView method) get_dataset_by_coordination_scope_name() (vitessce.config.VitessceConfig method) get_dataset_by_uid() (vitessce.config.VitessceConfig method) get_datasets() (vitessce.config.VitessceConfig method) get_file_defs() (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method) get_first_view_by_type() (vitessce.config.VitessceConfig method) get_local_dir_route() (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method) get_name() (vitessce.config.VitessceConfigDataset method) get_out_dir_route() (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method) get_props() (vitessce.config.VitessceConfigView method) get_routes() (vitessce.config.VitessceConfig method) (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method) get_stores() (vitessce.config.VitessceConfig method) (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method) get_uid() (vitessce.config.VitessceConfigDataset method) get_view_by_index() (vitessce.config.VitessceConfig method) get_views() (vitessce.config.VitessceConfig method)

H

hconcat() (in module vitessce.config) HEATMAP (vitessce.constants.ViewType attribute) HEATMAP_TARGET_X (vitessce.constants.CoordinationType attribute)

HEATMAP_TARGET_Y (vitessce.constants.CoordinationType attribute) HEATMAP_ZOOM_X (vitessce.constants.CoordinationType attribute) HEATMAP_ZOOM_Y (vitessce.constants.CoordinationType attribute)

I

IMAGE (vitessce.constants.DataType attribute) IMAGE_OME_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute)

ImageOmeTiffWrapper (class in vitessce.wrappers) ImageOmeZarrWrapper (class in vitessce.wrappers)

J

JsonWrapper (class in vitessce.wrappers)

L

LAYER_CONTROLLER (vitessce.constants.ViewType attribute) layout() (vitessce.config.VitessceConfig method)

link_views() (vitessce.config.VitessceConfig method) link_views_by_dict() (vitessce.config.VitessceConfig method)

M

META_COORDINATION_SCOPES (vitessce.constants.CoordinationType attribute) META_COORDINATION_SCOPES_BY (vitessce.constants.CoordinationType attribute) module vitessce.config vitessce.constants vitessce.data_utils.anndata vitessce.data_utils.ome vitessce.export vitessce.widget_plugins.demo_plugin vitessce.widget_plugins.spatial_query vitessce.wrappers

MOLECULE_HIGHLIGHT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) MOLECULES (vitessce.constants.DataType attribute) MOLECULES_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) MultiImageWrapper (class in vitessce.wrappers) multiplex_img_to_ome_tiff() (in module vitessce.data_utils.ome) multiplex_img_to_ome_zarr() (in module vitessce.data_utils.ome) MultivecZarrWrapper (class in vitessce.wrappers)

N

needs_bigtiff() (in module vitessce.data_utils.ome)

NEIGHBORHOODS (vitessce.constants.DataType attribute) NEIGHBORHOODS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute)

O

OBS_COLOR_ENCODING (vitessce.constants.CoordinationType attribute) OBS_EMBEDDING (vitessce.constants.DataType attribute) OBS_EMBEDDING_ANNDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_EMBEDDING_CELLS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_EMBEDDING_CSV (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_FEATURE_MATRIX (vitessce.constants.DataType attribute) OBS_FEATURE_MATRIX_ANNDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_FEATURE_MATRIX_CSV (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_FILTER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) OBS_HIGHLIGHT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) OBS_LABELS (vitessce.constants.DataType attribute) OBS_LABELS_ANNDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_LABELS_CSV (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_LABELS_TYPE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) OBS_LOCATIONS (vitessce.constants.DataType attribute) OBS_LOCATIONS_ANNDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_LOCATIONS_CELLS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_LOCATIONS_CSV (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_SEGMENTATIONS (vitessce.constants.DataType attribute) OBS_SEGMENTATIONS_ANNDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute)

OBS_SEGMENTATIONS_CELLS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_SEGMENTATIONS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_SET_COLOR (vitessce.constants.CoordinationType attribute) OBS_SET_FEATURE_VALUE_DISTRIBUTION (vitessce.constants.ViewType attribute) OBS_SET_HIGHLIGHT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) OBS_SET_SELECTION (vitessce.constants.CoordinationType attribute) OBS_SET_SIZES (vitessce.constants.ViewType attribute) OBS_SETS (vitessce.constants.DataType attribute) (vitessce.constants.ViewType attribute) OBS_SETS_ANNDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_SETS_CELL_SETS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_SETS_CSV (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_SETS_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) OBS_TYPE (vitessce.constants.CoordinationType attribute) ObsSegmentationsOmeTiffWrapper (class in vitessce.wrappers) ObsSegmentationsOmeZarrWrapper (class in vitessce.wrappers) OmeTiffWrapper (class in vitessce.wrappers) OmeZarrWrapper (class in vitessce.wrappers) on_config_change() (vitessce.widget_plugins.spatial_query.SpatialQueryPlugin method) optimize_adata() (in module vitessce.data_utils.anndata) optimize_arr() (in module vitessce.data_utils.anndata)

R

RASTER (vitessce.constants.DataType attribute) RASTER_JSON (vitessce.constants.FileType attribute) register_artifact() (vitessce.wrappers.AbstractWrapper method)

remove_first_view_by_type() (vitessce.config.VitessceConfig method) remove_view_by_index() (vitessce.config.VitessceConfig method) rgb_img_to_ome_tiff() (in module vitessce.data_utils.ome) rgb_img_to_ome_zarr() (in module vitessce.data_utils.ome)

S

SCATTERPLOT (vitessce.constants.ViewType attribute) set_coordination_value() (vitessce.config.VitessceChainableConfig method) (vitessce.config.VitessceConfig method) set_props() (vitessce.config.VitessceConfigView method) set_value() (vitessce.config.VitessceConfigCoordinationScope method) set_xywh() (vitessce.config.VitessceConfigView method) sort_var_axis() (in module vitessce.data_utils.anndata) SPATIAL (vitessce.constants.ViewType attribute) SPATIAL_AXIS_FIXED (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_CELLS_LAYER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_IMAGE_LAYER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_MOLECULES_LAYER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_NEIGHBORHOOD_LAYER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_NEIGHBORHOODS_LAYER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_ORBIT_AXIS (vitessce.constants.CoordinationType attribute)

SPATIAL_POINT_LAYER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_RASTER_LAYERS (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_ROTATION_ORBIT (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_ROTATION_X (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_ROTATION_Y (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_ROTATION_Z (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_SEGMENTATION_LAYER (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_TARGET_X (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_TARGET_Y (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_TARGET_Z (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIAL_ZOOM (vitessce.constants.CoordinationType attribute) SPATIALDATA_ZARR (vitessce.constants.FileType attribute) SpatialDataWrapper (class in vitessce.wrappers) SpatialQueryPlugin (class in vitessce.widget_plugins.spatial_query) STATUS (vitessce.constants.ViewType attribute)

T

to_dense() (in module vitessce.data_utils.anndata) to_diamond() (in module vitessce.data_utils.anndata) to_dict() (vitessce.config.VitessceConfig method)

to_memory() (in module vitessce.data_utils.anndata) to_python() (vitessce.config.VitessceConfig method) to_uint8() (in module vitessce.data_utils.anndata) TOOLTIPS_VISIBLE (vitessce.constants.CoordinationType attribute)

U

use_coordination() (vitessce.config.VitessceConfigMetaCoordinationScope method) (vitessce.config.VitessceConfigView method)

use_coordination_by_dict() (vitessce.config.VitessceConfigMetaCoordinationScope method) (vitessce.config.VitessceConfigView method) use_meta_coordination() (vitessce.config.VitessceConfigView method)

V

vconcat() (in module vitessce.config) ViewType (class in vitessce.constants) vitessce.config module vitessce.constants module vitessce.data_utils.anndata module vitessce.data_utils.ome module vitessce.export module vitessce.widget_plugins.demo_plugin module

vitessce.widget_plugins.spatial_query module vitessce.wrappers module VitessceChainableConfig (class in vitessce.config) VitessceConfig (class in vitessce.config) VitessceConfigCoordinationScope (class in vitessce.config) VitessceConfigDataset (class in vitessce.config) VitessceConfigDatasetFile (class in vitessce.config) VitessceConfigMetaCoordinationScope (class in vitessce.config) VitessceConfigView (class in vitessce.config) VitessceConfigViewHConcat (class in vitessce.config) VitessceConfigViewVConcat (class in vitessce.config)

W

web_app() (vitessce.config.VitessceConfig method)

widget() (vitessce.config.VitessceConfig method)